Unha nova arma para o diagnóstico da tuberculose e a detección de resistencia a drogas: unha secuenciación dirixida de nova xeración (tNGS) combinada coa aprendizaxe automática para o diagnóstico da hipersensibilidade á tuberculose
Informe de literatura: CCa: un modelo de diagnóstico baseado en tNGS e aprendizaxe automática, que é adecuado para persoas con menos tuberculose bacteriana e meninxite tuberculosa.
Título da tese: Secuenciación de próxima xeración e aprendizaxe automática dirixidas a tuberculosos: unha estratexia de diagnóstico ultrasensible para os tubulares pulmonares paucíficos e a meninxite tubular.
Periódico: 《Clinica Chimica Acta》
SE: 6.5
Data de publicación: xaneiro de 2024
Combinado coa Academia de Ciencias da Universidade de Chinesa e o Hospital de Peito de Pequín da Universidade Médica Capital, Macro & Micro-Test estableceu un modelo de diagnóstico da tuberculose baseado na nova xeración de tecnoloxía de secuenciación dirixida (tNGS) e método de aprendizaxe automática, que proporcionaba un nivel ultra-alto. sensibilidade de detección para a tuberculose con poucas bacterias e meninxite tuberculosa, proporcionou un novo método de diagnóstico de hipersensibilidade para o diagnóstico clínico de dous tipos de tuberculose e axudou ao diagnóstico preciso, á detección da resistencia aos medicamentos e ao tratamento da tuberculose.Ao mesmo tempo, compróbase que o ADNc plasmático do paciente pode utilizarse como un tipo de mostra axeitado para a toma de mostras clínicas no diagnóstico de TBM.
Neste estudo utilizáronse 227 mostras de plasma e líquido cefalorraquídeo para establecer dúas cohortes clínicas, nas que as mostras de cohortes de diagnóstico de laboratorio foron utilizadas para establecer o modelo de aprendizaxe automática de diagnóstico da tuberculose e as mostras de cohortes de diagnóstico clínico para verificar o establecido. modelo de diagnóstico.Todas as mostras foron dirixidas por primeira vez a un grupo de sondas de captura dirixida especialmente deseñado para Mycobacterium tuberculosis.Despois, baseándose nos datos de secuenciación de TB-tNGS, o modelo de árbore de decisión utilízase para realizar unha validación cruzada de 5 veces nos conxuntos de adestramento e validación da cola de diagnóstico de laboratorio e obtéñense os limiares de diagnóstico das mostras de plasma e de líquido cefalorraquídeo.O limiar obtido incorpórase a dous conxuntos de probas de cola de diagnóstico clínico para a súa detección, e o rendemento diagnóstico do alumno avalíase mediante a curva ROC.Finalmente, obtívose o modelo de diagnóstico da tuberculose.
Fig. 1 diagrama esquemático do deseño da investigación
Resultados: Segundo os limiares específicos da mostra de ADN de LCR (AUC = 0,974) e da mostra de ADNc plasma (AUC = 0,908) determinados neste estudo, entre 227 mostras, a sensibilidade da mostra de LCR foi do 97,01%, a especificidade do 95,65% e a sensibilidade e especificidade da mostra de plasma foron do 82,61% e do 86,36%.Na análise de 44 mostras pareadas de cfDNA plasmático e ADN de líquido cefalorraquídeo de pacientes con TBM, a estratexia diagnóstica deste estudo ten unha alta consistencia do 90,91% (40/44) en plasma cfDNA e ADN do líquido cefalorraquídeo, e a sensibilidade é do 95,45% (42/44).En nenos con tuberculose pulmonar, a estratexia diagnóstica deste estudo é máis sensible ás mostras de plasma que os resultados da detección Xpert das mostras de zume gástrico dos mesmos pacientes (28,57% VS 15,38%).
Fig. 2 Rendemento da análise do modelo de diagnóstico da tuberculose para mostras de poboación
