Unha nova arma para o diagnóstico da tuberculose e a detección de resistencia aos medicamentos: unha secuenciación dirixida á nova xeración (TNGS) combinada coa aprendizaxe de máquinas para a hipersensibilidade da tuberculose
Informe de literatura: CCA: un modelo de diagnóstico baseado en TNGs e aprendizaxe automática, que é adecuado para persoas con menos tuberculose bacteriana e meningite tuberculosa.
Título da tese: secuenciación e aprendizaxe de máquinas de última xeración dirixida por tuberculoso: unha estratexia de diagnóstico ultra-sensible para tubulares pulmonares paucíficos e meninxite tubular.
Periódico: 《Clinica Chimica Acta》
Se ： 6.5
Data de publicación: xaneiro de 2024
Combinado coa Universidade de Academia Chinesa de Ciencias e o Hospital de Peito de Pequín da Capital Medical University, Macro & Micro-Test estableceu un modelo de diagnóstico de tuberculose baseado na nova xeración de tecnoloxía de secuenciación dirixida (TNGS) e método de aprendizaxe automática, que proporcionaba ultra-alta alerta A sensibilidade á detección para a tuberculose con poucas bacterias e meninxite tuberculosa, proporcionou un novo método de diagnóstico de hipersensibilidade para o diagnóstico clínico de dous tipos de tuberculose e axudou o diagnóstico preciso, a detección de resistencia aos fármacos e o tratamento da tuberculose. Ao mesmo tempo, comproba que o CFDNA de plasma do paciente pode usarse como tipo de mostra adecuado para a mostraxe clínica no diagnóstico de TBM.
Neste estudo utilizáronse 227 mostras de plasma e mostras de fluído cefalorraquídeo para establecer dúas cohortes clínicas, nas que se empregaron as mostras de cohorte de diagnóstico de laboratorio para establecer o modelo de aprendizaxe de máquinas de diagnóstico de tuberculose e as mostras de cohorte clínicas utilizáronse para verificar o establecido establecido Modelo de diagnóstico. Todas as mostras foron dirixidas por primeira vez por un grupo de sondas de captura dirixido especialmente deseñado para a tuberculose de Mycobacterium. A continuación, baseándose en datos de secuenciación de TB-TNGS, o modelo da árbore de decisións úsase para realizar unha validación cruzada de 5 veces nos conxuntos de adestramento e validación da cola de diagnóstico de laboratorio e obtense os limiares diagnósticos de mostras de plasma e mostras de fluído cefalorraquídeo. O umbral obtido ponse en dous conxuntos de proba de cola de diagnóstico clínico para a súa detección, e o rendemento diagnóstico do alumno é avaliado por curva ROC. Finalmente, obtívose o modelo de diagnóstico de tuberculose.
Fig. 1 Esquema esquemático do deseño da investigación
Resultados: Segundo os limiares específicos da mostra de ADN CSF (AUC = 0,974) e a mostra de CFDNA de plasma (AUC = 0,908) determinada neste estudo, entre 227 mostras, a sensibilidade da mostra de CSF foi do 97,01%, a especificidade foi do 95,65%e A sensibilidade e especificidade da mostra de plasma foi do 82,61% e do 86,36%. Na análise de 44 mostras emparelladas de CFDNA de plasma e ADN de fluído cefalorraquídeo de pacientes con TBM, a estratexia diagnóstica deste estudo ten unha alta coherencia do 90,91% (40/44) no CFDNA de plasma e o ADN de fluído cefalorraquíd (42/44). En nenos con tuberculose pulmonar, a estratexia de diagnóstico deste estudo é máis sensible ás mostras de plasma que os resultados de detección de Xpert de mostras de zume gástrico dos mesmos pacientes (28,57% vs 15,38%).
Fig. 2 Rendemento de análise do modelo de diagnóstico de tuberculose para mostras de poboación
