Unha nova arma para o diagnóstico da tuberculose e a detección da resistencia aos fármacos: unha secuenciación dirixida de nova xeración (tNGS) combinada coa aprendizaxe automática para o diagnóstico da hipersensibilidade á tuberculose
Informe bibliográfico: CCa: un modelo de diagnóstico baseado en tNGS e aprendizaxe automática, axeitado para persoas con menos tuberculose bacteriana e meninxite tuberculosa.
Título da tese: Secuenciación de nova xeración dirixida á tuberculose e aprendizaxe automática: unha estratexia diagnóstica ultrasensible para tubulos pulmonares paucíficos e meninxite tubular.
Periódico: 《Clinica Chimica Acta》
SE: 6,5
Data de publicación: xaneiro de 2024
En conxunto coa Universidade da Academia Chinesa de Ciencias e o Hospital Tórax de Pequín da Universidade Médica Capital, Macro & Micro-Test estableceu un modelo de diagnóstico da tuberculose baseado na tecnoloxía de secuenciación dirixida (tNGS) de nova xeración e no método de aprendizaxe automática, que proporcionou unha sensibilidade de detección ultraalta para a tuberculose con poucas bacterias e a meninxite tuberculosa, proporcionou un novo método de diagnóstico de hipersensibilidade para o diagnóstico clínico de dous tipos de tuberculose e axudou ao diagnóstico preciso, á detección da resistencia aos fármacos e ao tratamento da tuberculose. Ao mesmo tempo, comprobouse que o cfDNA plasmático do paciente pódese usar como un tipo de mostra axeitado para a mostraxe clínica no diagnóstico da TBM.
Neste estudo, empregáronse 227 mostras de plasma e de líquido cefalorraquídeo para establecer dúas cohortes clínicas, nas que as mostras da cohorte de diagnóstico de laboratorio se empregaron para establecer o modelo de aprendizaxe automática para o diagnóstico da tuberculose e as mostras da cohorte de diagnóstico clínico se empregaron para verificar o modelo de diagnóstico establecido. Todas as mostras foron primeiro dirixidas a un conxunto de sondas de captura dirixidas especialmente deseñado para Mycobacterium tuberculosis. Despois, baseándose nos datos de secuenciación TB-tNGS, o modelo de árbore de decisión utilízase para realizar unha validación cruzada de 5 veces nos conxuntos de adestramento e validación da cola de diagnóstico de laboratorio, e obtéñense os limiares de diagnóstico das mostras de plasma e das mostras de líquido cefalorraquídeo. O limiar obtido lévase a dous conxuntos de probas da cola de diagnóstico clínico para a detección, e o rendemento diagnóstico do aprendiz avalíase mediante a curva ROC. Finalmente, obtívose o modelo de diagnóstico da tuberculose.
Fig. 1 diagrama esquemático do deseño da investigación
Resultados: Segundo os limiares específicos da mostra de ADN do LCR (AUC = 0,974) e da mostra de cfDNA do plasma (AUC = 0,908) determinados neste estudo, entre 227 mostras, a sensibilidade da mostra de LCR foi do 97,01 %, a especificidade foi do 95,65 % e a sensibilidade e especificidade da mostra de plasma foron do 82,61 % e do 86,36 %. Na análise de 44 mostras emparelladas de cfDNA do plasma e ADN do líquido cefalorraquídeo de pacientes con tuberculose pulmonar, a estratexia diagnóstica deste estudo ten unha alta consistencia do 90,91 % (40/44) no cfDNA do plasma e no ADN do líquido cefalorraquídeo, e a sensibilidade é do 95,45 % (42/44). En nenos con tuberculose pulmonar, a estratexia diagnóstica deste estudo é máis sensible ás mostras de plasma que os resultados de detección Xpert das mostras de zume gástrico dos mesmos pacientes (28,57 % fronte ao 15,38 %).
Fig. 2 Rendemento da análise do modelo de diagnóstico da tuberculose para mostras de poboación
